骨质疏松症的具体病因尚未完全明确一般认为与以下因素有关：
1内分泌因素 女性病人由于雌激素缺乏造成骨质疏松男性则为性功能减退所致睾酮水平下降引起的骨质疏松症在绝经后妇女特别多见卵巢早衰则使骨质疏松提前出现提示雌激素减少是发生骨质疏松重要因素绝经后5年内会有一突然显著的骨量丢失加速阶段每年骨量丢失2%～5%是常见的约20%～30%的绝经早期妇女骨量丢失>3%/年称为快速骨量丢失者而70%～80%妇女骨量丢失<3%/年称为正常骨量丢失者瘦型妇女较胖型妇女容易出现骨质疏松症并易骨折这是后者脂肪组织中雄激素转换为雌激素的结果与年龄相仿的正常妇女相比骨质疏松症患者血雌激素水平未见有明显差异说明雌激素减少并非是引起骨质疏松的惟一因素
一般来说老年人存在肾功能生理性减退表现为125-（OH2）D3生成减少血钙降低进而刺激甲状旁腺激素分泌故多数学者报道血中甲状旁腺激素浓度常随年龄增加而增加增加幅度可达30%甚至更高对绝经后骨质疏松妇女的甲状旁腺功能研究结果显示功能低下正常和亢进皆有一般认为老年人的骨质疏松和甲状旁腺功能亢进有关
有研究显示各年龄组女性的血降钙素水平较男性低绝经组妇女的血降钙素水平比绝经期妇女低因此认为血降钙素水平的降低可能是女性易患骨质疏松的原因之一静脉滴注钙剂后女性血降钙素的增高值明显低于男性血降钙素的基础值与增高值均与年龄呈负相关北京协和医院内分泌科报告对绝经前和绝经后的健康志愿者进行静脉滴注降钙素兴奋试验未见降钙素储备功能有显著差别而骨量减少和骨质疏松症患者的降钙素储备功能则都降低后者更为明显这提示降钙素储备功能的降低可能参与了骨质疏松症的发生对绝经后骨质疏松妇女的血降钙素水平报道多数是降低但也有正常和轻度升高的报道
成骨细胞功能肾的1-α-羟化酶活性随老龄化而受损与此有关的125-（OH2）D3浓度降低亦参与骨质疏松的形成其他内分泌失调性疾病例如库欣综合征（Cushing综合征）产生过多的内源性皮质激素或慢性甲状腺毒症导致骨的吸收或排泄增加这些都与骨质疏松症形成有关
2遗传因素 骨质疏松症以白人尤其是北欧人种多见其次为亚洲人而黑人少见骨密度为诊断骨质疏松症的重要指标骨密度值主要决定于遗传因素其次受环境因素的影响有报道青年双卵孪生子之间的骨密度差异是单卵孪生子之间差异的4倍；而在成年双卵孪生子之间骨密度差异是单卵孪生子的19倍近期研究指出骨密度与维生素D受体基因型的多态性密切相关1994年Morrison等报道维生素D受体基因型可以预测骨密度的不同可占整个遗传影响的75%经过对各种环境因素调整后bb基因型者的骨密度可较BB基因型高出15%左右；在椎体骨折的发生率方面bb基因型者可比BB型晚10年左右而在髋部骨折的发生率上bb基因行者仅为BB型的1/4此项研究结果初步显示在各人种和各国家间存在很大的差异最终结果仍有待进一步深入研究其他如胶原基因和雌激素受体基因等与骨质疏松的关系的研究也有报道但目前尚无肯定结论
3营养因素 已经经发现青少年时钙的摄入与成年时的骨量峰直接相关钙的缺乏导致PTH分泌和骨吸收增加低钙饮食者易发生骨质疏松维生素D的缺乏导致骨基质的矿化受损可出现骨质软化症长期蛋白质缺乏造成骨机制蛋白合成不足导致新骨生成落后如同时有钙缺乏骨质疏松则加快出现维生素C是骨基质羟脯氨酸合成中不可缺少的能保持骨基质的正常生长和维持骨细胞产生足量的碱性磷酸酶如缺乏维生素C则可使骨基质合成减少
4废用因素 肌肉对骨组织产生机械力的影响肌肉发达骨骼强壮则骨密度值高由于老年人活动减少使肌肉强度减弱机械刺激少骨量减少同时肌肉强度的减弱和协调障碍使老年人较易摔跤伴有骨量减少时则易发生骨折老年人患有脑卒中等疾病后长期卧床不活动因废用因素导致骨量丢失容易出现骨质疏松
5药物及疾病 抗惊厥药如苯妥英钠苯巴比妥以及卡马西平引起治疗相关的维生素D缺乏以及肠道钙的吸收障碍并且继发甲状旁腺功能亢进过度使用包括铝制剂在内的制酸剂能抑制磷酸盐的吸收以及导致骨矿物质的分解糖皮质激素能直接抑制骨形成降低肠道对钙的吸收增加肾脏对钙的排泄继发甲状旁腺功能障碍以及性激素的产生长期使用肝素会出现骨质疏松具体机制未明化疗药如环孢素A已证明能增加啮齿类动物的骨更新
肿瘤尤其是多发性骨髓瘤的肿瘤细胞产生的细胞因子能激活破骨细胞以及儿童或青少年的白血病和淋巴瘤后者的骨质疏松常是局限性的胃肠道疾病例如炎性肠病导致吸收不良和进食障碍；神经性厌食症导致快速的体重下降以及营养不良并与无月经有关珠蛋白生成障碍性贫血源于骨髓过度增生以及骨小梁连接处变薄这类患者中还会出现继发性性腺功能减退症
6其他因素 酗酒对骨有直接毒性作用吸烟能增加肝脏对雌激素的代谢以及对骨的直接作用另外还能造成体重下降并致提前绝经长期的大强度运动可导致特发性骨质疏松症